通過レイヤーと通常レイヤーの違い
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レイヤーフォルダには、「通過」 という固有のブレンドモードがあります。
FireAlpaca のレイヤーフォルダのデフォルトのモードは「通過」です。

さて、通過とはどういうブレンドモードなのでしょうか? それには、レイヤーフォルダの仕組みを理解する必要があります。
ご存知の通り、レイヤーフォルダは、フォルダ内に複数のレイヤーをまとめて管理できる機能です。
もし、レイヤーが属しているフォルダが「通常」や「乗算」(「通過」 以外) だと、各レイヤーのブレンドモードを使ってフォルダに合成した後、フォルダのブレンドモードでキャンバスに合成されます。
一方、レイヤーが属しているフォルダが「通過」の場合、フォルダに合成されることなく、直接キャンバスにレイヤーのブレンドモードを使って合成されます。フォルダが「通過」の場合は、単に複数のレイヤーをまとめているだけ、といった感じです。
「フォルダに対してクリッピングできない」 という報告を受けることがありますが、これは通過レイヤーが用いられているからであり、下のフォルダ(クリッピング先のフォルダ)が「通過以外」 になっていればクリッピングが可能です。

大事なことなので、最後に復習です。
「通過以外のフォルダ」 に含まれたレイヤーは、各レイヤーの合成モードを用いてフォルダに描画された上で、フォルダの合成モードを使ってキャンバスに合成されます。
「通過フォルダ」 に含まれたレイヤーは、各レイヤーの合成モードを用いて、直接キャンバスに合成されます。