クリッピングって何?
「キャンバスへのレイヤー合成の際に、下のレイヤーの画像範囲にのみ合成する」 のがレイヤーのクリッピング機能です。
・・・と言われても、いまいちピンと来ないと思います。レイヤー合成の仕組みが頭に入っていないと分かりづらいと思うので、まずはレイヤー合成について考えてみましょう。
ご存知の通り、レイヤーは透明なシートに描かれた絵のようなものです。絵が描かれた部分は不透明で、それ以外の部分は透明です。昔のアニメに使われていた、セル画のようなものですね。ペイントツールは、そのレイヤーを何枚も保持し、下のレイヤーから順番にキャンバスに合成していくことで、絵のパーツごとに干渉が起こらない状態で作業をすることができます。
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キャンバスにレイヤーを合成する際に、直前に合成したレイヤー・・・FireAlpaca で言えば 「下のレイヤー」 内に絵が存在する範囲にのみ、キャンバスに画像が合成する仕組みが、クリッピングの機能です。

クリッピング機能を使うと、「下塗り」を活かすことができます。キャラクターのパーツごとに(髪の毛、肌、など)ベース色で色分け(下塗り)しておけば、影付けやハイライトを描く際に、クリッピングにより下塗りした範囲外の部分にはみ出ることがなくなります。

クリッピングするレイヤーは、複数枚追加することができます。
